剧情创作采用双系列构成制，由脚本家吉野弘幸、大河内一楼负责，音乐主要创作人为泽野弘之。
2029年，日本因突然爆发的”Apocalypse Virus(启示录病毒）“的蔓延而陷入了混乱之中。处于无政府状态的日本，受到了由超国家之间所组织成的名为“GHQ”的组织的武力介入并接受其统治，东京的六本木更成为被封锁的地区。之后又以名为“lost christmas（失落的圣诞）”的事件为契机，日本失去了独立国家的实质权力，并被赋予了表面上的自治权，由此人们开始享受短暂的和平。但也有人不满现状，葬仪社就是反抗组织之一。
时光流逝，10年后的2039年。少年樱满集（おうま しゅう）——怀抱着抑郁的心境，并对世间冷眼相待——在天王州第一高校就读的高中二年生，与同学们保持着一定距离的同时，度过着闲散而又平静的日子。
然而集安稳的日常在某一天突然宣告结束。那天放学后，在自己中意的老地方和一名受伤少女不期而遇。少女名为楪祈。她正是集所憧憬，并在网上有着巨大影响力的歌手黑羽歌姬。而她也有不为人知的一面。祈正是由17岁青少年恙神涯所率领的“葬仪社”——一个在被封锁的城市中反抗“GHQ”，并在故事的基因病毒爆发的情况下，及其幕后操纵者的阻挠中为实现“日本的解放”而赌上性命不断孤独地战斗着的抵抗组织——的成员之一。
集在祈与涯引导之下，与葬仪社而发生了关联。尔后因为情况紧迫激活虚空基因组，他的右手上出现了“王之刻印”。通过刻印，集可以自在地从人的身体里抽取出名为“void（虚空）”的物质，并以借此为武器得到战斗的力量。（此种兵器一旦 过度使用 或 被毁，原属主人 就会 紫晶石化 碎裂消亡。动画里有展现） 至此，联接着集、祈、涯三个人的命运开始转动……
2039 年，日本处於 GHQ 的统治之下。某一天，樱满集在校内遇见了他崇拜的偶像楪祈，但她却被突然出现的 GHQ 带走了。为了达成她托付的使命，集独自前往六本木地区。在那里，「葬仪社」的年轻首领恙神涯出现在集的面前。正当集还来不及对这一连串的意外感到惊讶时，战斗开始了。集为了保护楪祈，而冲到终极咆哮的面前，此时他的右手，得到了某种「力量」。