尽管《使徒行者》大结局已经落幕，但是对于追剧的网友来说仍不过瘾。剧中几大悬念未解，似乎编剧已为续集埋下伏笔。首先，在大结局中，有神秘人删除了欢喜哥的卧底身份，但是神秘人的身份和动机都没有交代；也有网友发出疑问，对于高海宁扮演的林希微和庞言廷（黄长兴饰）被害案仍耿耿于怀，而剧中对幕后凶手并没有明确点出；最大谜团则是入侵康sir电脑的黑客究竟是谁，到大结局也没有透露。据说本周使徒行者第五名卧底将揭晓答案，是木虱，还是刚刚登场的林希微，还是当过CIB的大boss欢喜哥，还是欢喜哥的左膀猜fing，或者是另有其人呢？林希微“宋先生”应该是烟雾弹吧？高海宁是一个已经变节的卧底。卓sir的外甥女美贤有可能是跟黑警郭sir是一伙。第22集被郭Sir抓起来时候演的太假可能是串通好的。最大BOSS是连欢喜哥都怕的宋先生宋彦廷。虽然Kobe和莫羡昕这对苦难多多的情侣，最后可以再次在一起。但Kobe为了救莫羡昕，死了。
使徒行者剧情还没脱离港剧一贯的线路，前四个卧底，两个黑警，完全在意料之中，唯一扑朔迷离的就是最后一个卧底到底是谁，所谓宋先生又是哪个？ 最后一个卧底不出意外应该就是欢喜哥至于变节还是隐藏的深暂时未知。宋先生应该跟庞先生有点关联。TVB大热剧集《使徒行者》在10月3日结束，在大结局中，有神秘人删除了欢喜哥的卧底身份，但是神秘人的身份和动机都没有交代。监制文伟鸿对此表示：“其实所有人物发展已经有了，只是在三十集篇幅内，根本无法全部拿出来，所以会否有延续、外传最主要看公司决定。”对于是否会拍电影版，文伟鸿表示：“希望有，还有很多东西玩，之前多数以暗场交代。”饰演欢喜哥的许绍雄称：“我前、后、左、右传都想拍！”
网友猜测两人被害的幕后凶手是大boss钱瑞安所为，不过在《使徒行者》大结局中并没有明确交代。还有网友发出疑问：“大家记不记得，有一集康sir电脑被人入侵，所以他删了所有卧底的资料，临死前也跟卓sir说了有人入侵他电脑，那么，到底入侵他电脑的人是谁？到大结局都未交代！”于是，有网友把黑客跟删除欢喜哥资料的神秘人联系在一起。如果说，《使徒行者》拍的不算是虎头蛇尾的吧，恐怕这个大谜团也只有等到第二部才能解开了。