那是个让一切变得飘摇不定、难堪的所在。有时她彷佛依赖但又会突然叛离。他想要占据，但缺乏勇气。他想要放纵，但是面对她那庄重的神色，他感到说不出来的怯弱。
1962年的香港，报社主编周慕云（梁朝伟饰）和太太搬进了一幢公寓，与他们同时搬来的，还有另一对年轻夫妇——苏丽珍（张曼玉饰）和丈夫。直至有一天，两人突然发现各自的另一半原来早已成为一对婚外恋的主角，周慕云和苏丽珍不得不共同面对这个现实。两颗受伤的心小心翼翼、难舍难分，却最终化成了无缘的伤痛。他们在配偶背叛的阴影下，各怀心事地靠近。
那是个让一切变得飘摇不定、难堪的所在。有时她彷佛依赖但又会突然叛离。他想要占据，但缺乏勇气。他想要放纵，但是面对她那庄重的神色，他感到说不出来的怯弱。
见不着时，愈来愈想。那些背着人偷来的、幽室相守的时光，是多么和煦而平静。那些久候不至的苦等，明知是她却没有声音的电话，又是多么的炽热和辛酸。直到他做出了远行的决定，才向她道出了真心。而此时此刻，他不禁想到他真正背叛了的人，也许是她。
一切都褪去了，香港、1962年、那个陈旧的秘密。不管当初是为了报复或色诱，抑或单纯的慰藉，到最后，只剩下眷顾……
《花样年华》官方影碟收录了以下四段花絮（影片删减部分），透露了一些影片没有明言的细节。除了这四段“戳破窗纸”的删减片段，王家卫还删除了周慕云与酒店人员吵架、周慕云和苏丽珍跳舞等内容。最终影片营造出一种直戳人心的暧昧氛围。
1.2046号房间的秘密
影片中，关于两人的关系，导演给大家留下了很多想象空间。但在这个删减片段里，我们却可以窥见一段没有明言的真相：一个雨夜，苏丽珍说：“今晚我想留下来”，于是2046房间里发生了不该发生的事。王家卫在影片中删去了这一片段，将两人的感情表达得暧昧而隐晦，只是影片结尾苏丽珍带着名叫“庸生”的儿子。“庸生”或许是指60年代著名武侠作家金庸和梁羽生的合称，戏中周慕云与苏丽珍由写武侠小说而越陷越深，或许暗喻“庸生”是周慕云和苏丽珍的儿子。
2.在新加坡的日子
周慕云去新加坡的四年时间里，苏丽珍有没去过新加坡？这里给出了答案。
片段开头是梁朝伟吃榴莲的镜头，因为在新加坡有个传说，凡是爱吃榴莲的来到新加坡，他都不会再回到原来的地方。此外，电影里从未露面的苏丽珍的老板情人余小姐也露面了，俩人似乎有着和周苏一样的状况，余小姐见了何先生一阵抱头痛哭。一天晚上何先生在办公室等余小姐，苏丽珍问他为何不去找她，他说太远。苏丽珍又问他会不会后悔，何先生说不会，因为这是自己的决定。何先生临走时，送给了苏丽珍一张去新加坡的船票。苏丽珍来到了新加坡，但是她只去见了周慕云的老友阿炳，阿炳和她谈起自己的爱情故事，表示只要心里爱着就可以了，何必非要在一起。这番话触动了苏丽珍。俩人道别时，苏丽珍提醒阿炳不要让周慕云知道自己来过新加坡。
3.七十年代
王家卫本欲将故事讲到七十年代，但是最终作罢，不过从删减片段可以看到导演的剧情构思。苏丽珍已换成了70年代流行的皮毛大衣，周慕云也留起了小胡子。苏丽珍要把房子卖了，于是一个求购的女人到来，闲聊之下苏丽珍竟发现这个女人是周慕云在新加坡遇到的新宠。于是在那女人走后，苏丽珍对管家说如果对方再打电话就说房子已卖出去了。那个女人带着周慕云来到了这条他无比熟悉的街道，于是发生口角是在所难免了。接下来的镜头里，苏丽珍和周慕云在两人无数次擦肩的面馆相遇……这段70年代的戏，更像是对续集《2046》的引子。
4.不为人知的重逢
影片最后出现的吴哥窟，王家卫最初曾设计了俩人的重逢。在这个备选结局里，周慕云在吴哥窟偶遇苏丽珍。俩人沿着寺庙的走道聊天，聊起阿炳，也聊起了俩人的现状。俩人在短暂的谈话后告别，临走时周慕云叫住远去的苏丽珍，问她是不是曾给他打过电话，苏丽珍略微迟疑，轻轻的笑意充满内容，却淡淡说道：“我不记得了”，也许这就是女人选择遗忘的方式吧。