据悉，齐秦老婆雅雅原名为孙丽雅，今年29岁，她的父亲是一位地产商，是名符其实的“富二代“。2010年3月18日与齐秦在美国注册结婚。据说，齐秦与旧爱方美芳有比雅雅小一岁的私儿子，雅雅也不曾介意。
齐秦与相差24岁雅雅在2005年相识。齐秦曾透露，他认识了一位学音乐的女孩，当时很有感觉，也曾被朋友笑话想要当爸爸：“当时雅雅在四川读艺校，后来被唱片公司送到韩国去受过一小段时间训练。我觉得还不错就把她签到自己公司了，后来觉得她挺可爱，时间久了就有了感情。”2007年，齐秦和雅雅到上海参加一个活动时，两人双双甜蜜露面，恋情正式曝光。后颈上的深红色文身也是“齐”字。齐秦表示两人之间也会有代沟：“有的时候我要像爸爸或者兄长一样，去教导她某些事情。她也会从她的角度发出一些呼唤，我也还是要听听小朋友的意见。”
齐秦与旧爱美芳曾有一个私生子，但他从不避违。他曾表示： “我有一个儿子，但我没能有机会参与他的成长。这点始终觉得非常遗憾。所以现在非常希望有个小朋友，属于自己的，能够亲自带着他成长。”齐秦曾有一个为世人熟知的女友王祖贤，而他表示：“她(雅雅)应该会理解吧，作为公众人物，个人感情本来就是透明的。偶尔她看到别人写的东西也会显得有些落寞，我会去安慰她。另外她也知道，我这一辈子也没有交过几个女朋友，也不算那么花心的人。”