凌晨时分，全镇居民竟都变成了杀人利器。日军小分队9人，在一刻时辰内彻底蒸发——一个惊人秘密浮出水面：小镇所有的成年人，都是军统特工。小分队的意外失踪引起日军重视，山田中队长亲自接手案件。经过与霸下镇居民的接触，山田意识到霸下镇绝非善地，于是使计暂留在小镇继续暗中调查。日军支队倾巢而出、用最快速度赶到并包围了小镇。绝境下，霸下镇特工领导者李从文及肖岳密谋：事情闹大了，除了尽数干掉这支日军，已别无他法。山田支队覆灭，事件被伪装成遭遇共产党敌后武工队袭击。但李从文和肖岳都意识到祸端已起、再难收场。要想秘密最终不被掀开，唯一的办法，就是改变当前的战势格局、让小镇所处地区成为国军的势力范围。于是，李从文与何莜真领赴了这个难似登天的使命。小镇特工是不允许主动联系组织的，如此情势下只有一赌：惊动上峰，逼其决策！结局，或成功、或被剿杀于无形。李从文与何莜真以自陷囹圄的方式成功地惊动了上峰，然而，是改变战略格局来掩藏秘密，还是用灭杀的方式封藏秘密，高层中的两种意见相持不下，李、何二人因之命悬一线；与此同时，军长祖成武因爱将被二人所杀，红了眼要将他们大卸八块。上峰做出决定，小镇接到密令：肖岳、常虎、沈月红等人协同李从文、何莜真，设法打入日军内部，为国民党的战略反攻里应外合；这个决定意味着战略格局即将改变。不久，众人在敌占区汇合，并随即炮制了一起倒戈事件，以血腥之代价让常虎变成军统组织的叛徒，常虎因此受到了日方机构的重用。自此，特工们开始向敌营的各个环节渗透。国民党正面战场上的战略反攻开始，渗透于敌营各个环节中的特工们迅速摧毁了通讯、并展开一系列暗杀和破坏行动。日军本部一片大，刻意据守而失去了驰援的机会，于是，霸下镇及其周边区域被祖成武亲率一支部队迅速攻克。秘密成功掩藏、小镇恢复平静，然而，此后的特工们却多了一份前路茫然的放纵。
小镇突发传染病，小镇的氛围开始变得诡异。肖岳的旧情人师兰奉上级命令前来支援。李从文思索起心中的疑团来：师兰曾与肖岳同期受训，可她不单纯是疾控局的工作人员。事实上，师兰的另一个身份是组织处特派员，传染病的扩散正是她的杰作。而师兰的所作所为来自于上峰密令：灭绝小镇特工，并对小镇人员全部换血。大家面对绝境，情感再次战胜了“任务定生死”的誓言。产生了分别以肖岳、李从文为代表的两种方案：1、殊死反抗、生还者从此各自隐匿；逼迫上峰取消灭绝令。相持不下之际，李从文、何莜真被迫强制执行第二方案。在小伍以牺牲为代价的浴血掩护之下，二人冲出封锁，逃离了小镇。祖成武所带的部队是一支精锐，在李从文、何莜真冲出封锁之后，迅速做出反应，层层设围，顿将二人逼入了被追杀的绝境。
剧集评价：
正面评价
潜伏、夺宝、无间、内讧、信仰、不抛弃不放弃……几乎所有可以“勾引”观众的元素都齐聚《异镇》，有业内人士曾放言：“《异镇》的出现，将改写战争剧的历史。”
大片范儿十足的《异镇》在做到了视觉震撼的同时，也充分照顾到了观众的听觉享受。做到了既有山水流动间的诗情画意，又有枪林弹雨中的肉搏对抗。
负面评价
《异镇》不同于以往的国产电视剧，剧中有不少枪击、割喉、拔指甲等血腥镜头。其中有一场戏正面展现了一个特工拿着长剑挖眼睛的场面，不仅如此，他还将眼球挑了出来，如此血腥镜头在剧集中还有不少。另外，剧中还有部分让人血脉贲张的q.s戏份。据总局对该剧的修改反馈意见主要有三点：1、血腥画面太多；2、第一集就出现激情戏桥段，之后还有不少露骨画面；3、国共两党及军统关系构架不明。