1997年底，原拟再为亚视拍《僵尸道长Ⅲ》，但当时被告知已患上肝癌，使拍摄终止，并成为他的遗愿。因拍片过于劳累，且因林正英平日喜爱小酌二杯，此双重因素影响下，引致肝癌。而他一生没拍过爱情文艺片，亦成为他最遗憾的事。他所参与的最后一部电视剧是与徐锦江、刘松仁共同拍摄的“一枝花和尚”（新水浒传），在剧中他饰演威风凛凛的白英奇元帅。
女朋友苑琼丹当时亦陪伴在旁。林正英的大殡仪式于早上在庄严的宝福纪念馆举行。当蔗棺醉灵的刹那，林正英的小儿子扑前抱棺哭叫，声声哭叫：“爸爸不要走呀！”。此情此景无不令人心酸。
许多圈中人相继到达，包括罗家英、曾志伟、苑琼丹、孟海、午马、钱嘉乐、钱小豪等等。他的红粉知己苑琼丹双眼红肿，一直强忍泪水，当诵经告别仪式开始之时，她也穿上黑袍为好友诵经送别，念到伤心之处，也禁不住低声饮泣。当瞻仰遗容及灵棺之后，苑琼丹随即上前向林正英的遗像鞠躬道别，并未跟随前往火葬场。
若是从灵异方面来说，忘了是英叔的哪个鬼片了，说是拍的时候出了灵异事件，死了一个人，然后拍这个的演员都相续去世，都没有活过五十岁。
在电影和电视剧中，林正英饰演活驱邪捉鬼 ，终因末期肝癌，在九龙圣德肋撒医院逝世，终年四十五岁。由于林正英为人低调，且不想因为患上绝症“博人同情”，故生前曾要求家人不要将病情向外透露，并在逝世前一个多月，忍痛向女朋友苑琼丹提出分手，更甚的是在临终前一星期，林正英以自己病容恐怖为由，拒绝同门师兄弟和儿女到医院探病，临终拒见儿女。
林正英被送入圣德肋撒医院，当时林师傅已陷半昏迷状态，且情况每况愈下，而据知，林正英的哥哥半年前亦因肝癌逝世，实在是祸不单行。
消息指出：林正英生前为人不苟言笑，圈中较为熟络的，就只有年幼时一起拜京剧名师粉菊花为师的一众圈中师兄弟，不过林正英患末期肝癌的消息，一班师兄弟包括董玮，孟海和尊龙等等，以及一手提拔他的洪金宝都是从报章获悉。而早前返港拍楼盘广告的尊龙，原来一向与林正英交情甚好，而尊龙将於日内离港，故曾向林的家人提出到医院探望，但遭林正英拒绝。而和苑琼丹共堕爱河的林正英，原来在离开人世前的一个月，主动向苑仔提出分手. 不想拖累苑仔。