《人形少女》改编自曾执导《裸体之夜》、《花与蛇》等影片的日本鬼才导演石井隆亲自创作的短篇漫画《沉默的你》。影片讲述了一个宅男同偶然相遇的人偶少女之间的奇妙故事。健太郎是一个孤独的年轻人，有一天被公司解雇的他独自去喝闷酒，却不小心招惹上小混混。他在躲避的过程中误入了一个废墟，看见了一个穿着水手服的人偶少女，突然，少女睁开眼睛并且解救了他。之后，健太郎把少女带回家并开始了奇妙的同居生活。人气写真模特佐佐木心音在片中饰演人偶少女，并将全裸出镜。
第一段：从北海道到了东京的重考生本须和秀树，是个心地善良，总是无意识的把自己想的东西都说出来的有点傻气的男孩。初到东京时，对随处可见的人形电脑深感兴趣，这些电脑除了作为数据接续端子的耳朵外，外表和真人几乎没有差别。它们的外形都非常可爱，而且总是完全的服从于它们的主人，因此很多人都乐于和电脑为伴。为了可以赶上潮流，上网等，秀树渴望也有一个属于自己的电脑。一个偶然的机会，秀树在自己宿舍附近的垃圾堆里捡到了一个非常可爱的少女表电脑，好不容易把她启动了，但她没有安装任何软件，所以什么也不懂，只会发出“唧”的叫声，于是秀树就给它起名{唧}。唧看来对秀树很有好感，她是一部特殊的电脑，有着自己的意识。尽管她只是一部电脑，但当她对着秀树甜甜的微笑说“你回来啦”时，却在不知不觉间赶走了秀树内心的孤独，于是，秀树和唧的故事开始了。秀树的宿舍的管理员日比谷小姐是位漂亮的女性，幸好有她的帮助，唧才有了合适的衣服穿。不过背后日比谷小姐却掌握着唧的秘密，她是为了实现某个人的心愿，更让他制造的唧得到幸福而故意让唧和秀树相遇的……
第二段：实际上新保和清水老师是恋爱关系，因为清水老师的丈夫只和电脑说话新保在补习班开学时发现了这一点，感觉清水老师很可怜，就疯狂的爱上了她（疯狂用的似乎很不准确）。而管理员日比谷小姐的丈夫就制造唧的人实际上日比谷小姐也是重要的参与人员，因为本来唧就是给日比谷小姐当女儿的，唧还有个姐姐Freya，但因为是Chobits有自己的感情，所以很恶搞的爱上了日比谷小姐的丈夫，最后忧郁而导致无法启动，死掉了，死掉之前唧确让Freya以灵魂的模式进入唧的身体，这也就是在唧受到危险的时候帮助唧的那个和唧很像的"东西"的真面目.至于唧为什么在垃圾箱附近就是因为Freya爱上了日比谷小姐的丈夫后日比谷小姐的丈夫也病死了，而日比谷小姐就把唧重启后让一个“专署于唧的人”找到，也就是秀树。
当秀树确定了爱唧时，也就是唧找到了“专属于我的人”时就发动一个程序，和全世界的电脑相连，这个程序能让人型电脑失去辨别人型电脑与人的能力，也就是说——在人型电脑眼里人与人型电脑是没有区别的！（这个程序在动画版里没有做出解释，但在漫画版里做了解释。)而唧马上成功时却放弃了，因为她“认为电脑就是电脑，代替不了人，因为爱所以离开。”自毁了，把Freya形态变了出来，求日比谷小姐销毁她们，日比谷小姐删除了她们的所有资料，最后秀树很心痛的对着已经没有了记忆的躯壳说“帮我转告他，幸福就是与自己喜欢的人在一起，即使在一起会很痛苦，但如果不在一起，只会更加痛苦。”这时，“躯壳”哭了，一到强光闪过，唧把程序执行完后变回了唧，和秀树抱在了一起。最后还有裕美和唧打工的商店的老版好上了，本来就是一对啊却因为误会而没走到一起，最后裕美终于和他走到了一起。