《尼基塔》当终结季开始的时候，Nikita成了全球头号通缉犯，迫使她隐姓埋名四处躲藏。她发现一条线索可以帮助她洗清罪名，却意外与自己以前的团队重逢。
《尼基塔》终结季已于13年11月22日播出，12月27日大结局。当终结季开始的时候，Nikita成了全球头号通缉犯，迫使她隐姓埋名四处躲藏。她发现一条线索可以帮助她洗清罪名，却意外与自己以前的团队重逢。他们决定合力除掉死敌Amanda，但情感上的创伤一时难以愈合。他们很快发现Nikita遭到陷害只不过是一个大阴谋的冰山一角，而这个大阴谋可能引发一场全球性的灾难。尼基塔成为了全球通缉犯，为了不连累朋友们，她离开团队四处逃亡。再继续与Amanda的对抗中，他们再次相遇联手合作，最终除掉了Amanda并洗清了罪名。当大家都坚信在一切都结束了时，一个巨大的阴谋却向他们靠近。。。失去了瑞安的尼基塔变得疯狂，不断刺杀报复，她会有怎样的结局？
分集剧情
第1集
Nikita被Amanda诬陷为刺杀美国总统的凶手，不得不踏上亡命天涯的道路。来自新闻频道ENN的记者Dale对当晚所发生的事情产生质疑，发誓要查清真相。Nikita将Dale当作自己洗刷罪名的救命稻草，于是跨越边境重返美国，希望和Dale好好谈一次。怎料她竟一头撞进了Amanda精心设下的陷阱，Michael等人收到了警告，Michael决定立即找到Nikita，避免她落入Amanda之手。Michael等人的时总部设在一架自由飞行的高科技飞机上（和《神盾局特工》类似），Birkhoff和Ryan都用各自的方式向Michael伸出了援手。与此同时，Alex密切监视一个人口贩卖集团，她发现「The Shop」组织与之有关。当Owen/Sam出现在现场后，情况迅速向坏的方向发展。
第2集
Nikita与Michael、Birkhoff和Ryan团聚，并且登上了他们作为临时指挥中心的飞机。Michael拒绝与Nikita讨论他们之间的关系，但要求Nikita留在这个团队中，让他们帮助她洗清罪名。Ryan发现Amanda在「The Shop」组织的帮助下用替身来替换一些重要人物，而Nikita发现其中一名替身就是中情局副局长(Alex Carter)。在不暴露自己的情况下，Nikita很难杀死他。与此同时，Alex用枪逼Sam交还偷走的东西。然而当一群暴徒对两人发动袭击的时候，他们为逃命被迫共同御敌。
第3集
AMANDA提供的假情报显示巴基斯坦雇佣NIKITA来刺杀美国总统，美国和巴基斯坦的关系持续紧张。RYAN对BIRKHOFF越来越古怪的行为产生怀疑，他向NIKITA和MICHAEL表示AMANDA有可能绑架了BIRKHOFF并将他转变为双重间谍。与此同时，中情局抓住了ALEX，逼她说出她与NIKITA的关系。
第4集
JONES排挤了AMANDA，重新在组织内取得统治权。他随后与NIKITA取得联系，向她和她的团队提出一个条件：如果他们从此不再插手他的任务，他承诺帮助他们伪造死亡，改换身份，从此获得自由。NIKITA和她的团队将飞机停在一处与世隔绝的巴基斯坦简易跑道上，但当地的缉毒官员带着他的人包围了飞机，要求他们支付千万美元的「过路费」，NIKITA只好求ALEX提供这比钱。ALEX从一个保险箱内提取出一批钻石来帮助NIKITA解困，SAM意识到这是一个弥补自己损失的好机会……他计划抢走这批钻石！与此同时，MICHAEL再次面对老对手RAMON（SIMON KASSIANIDES），但RAMON说出了令MICHAEL难以接受的黑暗真相。此时BIRKHOFF从父亲手中偷偷得知了父亲所在地，也就是AMANDA的老巢。NIKITA一行人立刻前往该地，并且解救了所有被AMANDA所控制的人，包括总统，洗清了NIKITA的罪名。而此时，AMANDA按下导弹发射程序，并决定死在这个地方。NIKITA急中生智，将之前所拦截下的导弹发射到这个地方，将这里夷为平地。一切都结束了吗？AMANDA死了吗？她没死，她的替身死了。那个替身便是AMANDA在之前所提到的杀手锏。JONES被抓，但是却又和AMANDA开始继续进行恐怖的行动……
第5集
清晨NIKITA从一间明亮的房间醒来，走出房间眼前是一面宁静而和谐的景象，MICHAEL在她身后出现，二人感叹终于赢得与AMANDA之间的战争，此时一辆军车到来，来接他们去见政府最高领导层，对之前的种种事件予以解释。NIKITA和MICHAEL、BIRKHOFF、SONGYA、RYAN决定对政府坦白一切，在一对一的审讯室里面，他们从一开始的DIVISION一直到和AMANDA的战争一一详尽道来，监控室外的所有议员对他们的所言无不为之震惊。迪拜，ALEX用电脑追踪SAM的去向，让她惊讶的是SAM竟然按照和她的约定到达了巴黎。ALEX按照NIKITA的建议，打电话给SAM，结果通话中SAM被债主强行掳走。ALEX追踪到SAM被绑架的酒吧，以突袭的方式和SAM二人将对手解决。国会议员希望NIKITA来充当英雄给全民一个交代和解释，NIKITA在MICHAEL的鼓励下接受议员的请求，同时向议员提出要给每一个人赦免权，以及共同表彰BIRKHOFF的要求，并间接得知RYAN不同于大家的想法。ALEX收到NIKITA电话决定返回美国，临走前问SAM是跟她走还是自己离开，SAM突然拉住ALEX，并对其说了之所以不顾个人安危依约来到巴黎的原因，两人之间的关系发生了微妙的变化和巨大的进展。NIKITA和MICHAEL终于能悠闲的享受两人之间的甜蜜，却在这个时候得到了一个噩耗。追求真相的RYAN认为事情发展的太过顺利而感到疑心，在他申请的与看守中的JONES见面期间，RYAN被掳走至AMANDA处，AMANDA要对其进行脑部手术，RYAN不想被AMANDA利用而回去对大家不利，逃跑无望后做了最后一个惨烈的决定......NIKITA得知AMANDA没死，才知自己已经陷入一个更大的谎言和阴谋之中，在不能得到政府的帮助后，通过回归的SAM召集伙伴们，决定以自己的方式来结束这场灾难......
第6集
04年，division，nikita攻击守卫被amanda训导，amanda让其选择自己到底要成为怎样的人。画面跳转，埋伏在林间小路的nikita等到了押送jones的车并将其拦截，埋伏在暗处的alex将押送人员狙击解决，想要求生的jones给了nikita集团另外七名高层成员的名单，得到名单后的nikita将押送jones的车炸毁。随后来到不同的城市，与alex二人联手将另外三个集团高层解决掉。议员来到基地质问michael，电视上播放的jones被炸死事件是否就是nikita的解决之道，michael认为议员应该释放他和brikhoff和sam，以便在nikita大开杀戮前找到她，议员最终同意。amanda和集团最高层成员致电，希望剩余成员集中一处开会，避免被nikita刺杀，却被告知自己由于使得集团暴露，不再成为集团决策人，amanda于是决定向集团展开报复。nikita和alex追踪到集团成员聚集开会的地点，决定前往并打算将到时候获得的54名替身名单公布与众，alex提醒其是否真的决定要越过这条界线。michael他们回到自己的控制中心飞机上，决定开始追踪nikita，而此时飞机上来了不速之客---议员派来身边的军官，监控michael一行人的追踪进展，并告知他们这已经是一项军事行动。埋伏中的nikita和alex等到所有成员进入房屋后展开出击，成功进入会议地点并控制了剩下的四名集团成员，准备上传名单。amanda监控着室内的一切，并告诉一个神秘的人千万不要让nikita上传名单，必要时可以暴露身份。而就在此时窗外聚集着军事人员和狙击手，michael让sam致电nikita劝其不要将获得的替身名单上传网络，在sam的劝说无效后，狙击手已经决定开枪，michael只好以自己性命相要挟，成功劝说nikita放弃上传，此时birkhoff暗地里将获得的名单转移至一个安全的服务器，并暗示给nikita。nikita决定抓住这第二次机会上传名单，alex为了阻止与其进行厮打，混乱中集团最高成员拿起枪支射杀nikita，nikita毫不留情向四个成员开枪，alex及时将nikita打晕，外面的军事人员进入，带走了nikita和alex。监狱里，nikita，alex，birkhoff，被议员的随身军官安排至不同监狱室，michael和sam准备前往营救。而军官原来就是和amanda通话的神秘人，他将amanda带至nikita的房间，amanda对nikita宣告自己的最终胜利，并说自己因为nikita成为了不一样的人。羁押nikita的装置突然自动解锁，nikita趁势将amanda控制，将其锁在装置里，房间大门打开，军官倒下，michael、alex、birkhoff、sam进入，nikita对amanda讲述了自己的全部计划，告诉其为了使她相信自己失去理智而大开杀戒，故意制造了集团成员的假死，并告诉amanda自己也正是因为她，对于自己成为怎样的人做出了正确的选择。议员对nikita一行人表示感谢，兑现承诺给了每个人赦免权，并正式表彰了死去的ryan。最后，alex回归自己乌迪诺夫继承人的身份，致力于公益活动，决定正式和sam在一起。birkhoff接受媒体采访，并宣布自己在songya的建议下将公布shadow net的代码，让所有民众能够不被监视。nikita和micheal来到厄瓜多尔度蜜月，休息中nikita恍惚看到ryan的幻影，随后转头看到了一辆军车旁，当地士兵强迫儿童充军，于是告诉michael自己已经计划好蜜月要怎样度过，michael立刻会意，二人起身离开，追随远去的军车。获得自由后的nikita决定和michael继续投入到为正义而斗争的事业中......