经过长达25周的前期制作，《侏罗纪公园》于1992年8月24日在夏威夷考艾岛开拍，剧组在岛上用三周时间拍摄了大量日间外景，9月11日，为躲避途经考艾岛的伊尼基飓风，所有演职人员停工一天，而片中部分风暴画面就出自真实的飓风场景。在瓦胡岛完成似鸡龙的追逐场景后，剧组返回美国大陆继续拍摄，片中暴龙袭击游览车的场景出自华纳兄弟制片厂的16号摄影棚，而猛禽龙飞进厨房的场景则出自环球制片厂的24号摄影棚。1992年11月30日，影片拍摄提前12天杀青，剪辑师迈克尔-卡恩立即接手，以便斯皮尔伯格着手筹拍《辛德勒的名单》。在动笔创作之前，迈克尔·克莱顿曾构思出一部讲述研究生再造恐龙故事的剧本，他对恐龙和克隆的兴趣也随之浓厚起来，于是决定打造出一部小说《侏罗纪公园》。1989年10月，在与克莱顿讨论《急诊室的故事》剧本期间，史蒂文-斯皮尔伯格得知了尚未出版的《侏罗纪公园》，当时克莱顿不但要求出版商支付150万美元的稿酬，还提出按比例分红。为得到小说的改编拍摄权，华纳兄弟公司、蒂姆·波顿、索尼影业、理查德·唐纳、20世纪福克斯和乔·丹特竞相出手，1990年5月，环球影业成为最终赢家，此外，为了让克莱顿亲自改编剧本，环球影业又额外支付了50万美元。
在斯皮尔伯格拍摄《铁钩船长》期间，克莱顿完成了本片剧本，由于小说篇幅漫长，所以克莱顿只选取了10－20%的内容，而且有些场景不得不因为预算和可行性因素而放弃。斯皮尔伯格完成《铁钩船长》后本想立即筹拍《辛德勒的名单》，可美国音乐公司（Music Corporation of America）总裁西德-谢恩伯格要求斯皮尔伯格必须先拍《侏罗纪公园》，因为环球影业当时的东家是美国音乐公司，而且谢恩伯格深知执导过《辛德勒的名单》的斯皮尔伯格不会再对《侏罗纪公园》感兴趣。
为了在片中真实呈现出远古时期的庞然大物，斯皮尔伯格找来斯坦-温斯顿和菲尔-提佩分别制作电子恐龙和远景画面中的动态恐龙。古生物学家杰克-霍纳负责监督恐龙的设计工作，从而将恐龙打造成动物而并非怪物。1991年10月，马里亚-斯考奇-马默开始接手重写剧本，之后接任编剧的是大卫-凯普，他负责修改马默的草稿并将斯皮尔伯格的想法融入剧本。斯皮尔伯格还去掉了原美颌龙逃往大陆攻击幼童的次要情节，后来这段场景出现在《侏罗纪公园》的片头中。