1997年底，原拟再为亚视拍《僵尸道长Ⅲ》，但当时被告知已患上肝癌，使拍摄终止，并成为他的遗愿。因拍片过于劳累，且因林正英平日喜爱小酌二杯，此双重因素影响下……
1997年底，原拟再为亚视拍《僵尸道长Ⅲ》，但当时被告知已患上肝癌，使拍摄终止，并成为他的遗愿。因拍片过于劳累，且因林正英平日喜爱小酌二杯，此双重因素影响下，引致肝癌。而他一生没拍过爱情文艺片，亦成为他最遗憾的事。他所参与的最后一部电视剧是与徐锦江、刘松仁共同拍摄的"一枝花和尚"(新水浒传)，在剧中他饰演威风凛凛的白英奇元帅。
1997年11月08日，林正英在圣德勒撒医院与世长辞，终年45岁。
女朋友苑琼丹当时亦陪伴在旁。林正英的大殡仪式于早上在庄严的宝福纪念馆举行。当蔗棺醉灵的刹那，林正英的小儿子扑前抱棺哭叫，声声哭叫：“爸爸不要走呀！”。此情此景无不令人心酸。
许多圈中人相继到达，包括罗家英、曾志伟、苑琼丹、孟海、午马、钱嘉乐、钱小豪等等。他的红粉知己苑琼丹双眼红肿，一直强忍泪水，当诵经告别仪式开始之时，她也穿上黑袍为好友诵经送别，念到伤心之处，也禁不住低声饮泣。当瞻仰遗容及灵棺之后，苑琼丹随即上前向林正英的遗像鞠躬道别，并未跟随前往火葬场。
若是从灵异方面来说，忘了是英叔的哪个鬼片了，说是拍的时候出了灵异事件，死了一个人，然后拍这个的演员都相续去世，都没有活过五十岁。【纯属听说真假难料】
以下文章节录自一九九七年十一月十一日《苹果日报》
在电影和电视剧中,演活驱邪捉鬼「僵?原名林根宝) ,上周末傍晚终因末期肝癌,在九龙圣德肋撒医院逝世,终年四十五岁.由於林正英为人低调,且不想因为患上绝症「博人同情」,故生前曾要求家人不要将病情向外透露,并在逝世前一个多月,忍痛向女朋友苑琼丹提出分手,更甚的是在临终前一星期,林正英以自己病容恐怖为由,拒绝同门师兄弟和儿女到医院探病. 临终拒见儿女
林正英是在一个多星期前,被送入圣德肋撒医院,当时林师傅已陷半昏迷状
态,且情况每况愈下,终於延至本月八日(上周末)傍晚不治.而据知,林正英的哥哥半年前亦因肝癌逝世,实在是祸不单行.
消息指出:林正英生前为人不苟言笑,圈中较为熟络的,就只有年幼时一起拜京剧名师粉菊花为师的一众圈中师兄弟,不过林正英患末期肝癌的消息,一班师兄弟包括董玮,孟海和尊龙等等,以及一手提拔他的洪金宝都是从报章获悉.而早前返港拍楼盘广告的尊龙,原来一向与林正英交情甚好,而尊龙将於日内离港,故曾向林的家人提出到医院探望,但遭林正英拒绝.据知 林连自己的儿女亦不肯见,理由是觉得自己的容貌变得「恐怖」.
另外,九六年初因合拍亚视剧集《僵?而和苑琼丹共堕爱河的林正英,原来在离开人世前的一个月,主动向苑仔提出分手. 不想拖累苑仔
据接近林身边的人指出,林正英自与前任妻子离婚後,近年只专注事业,闲来嗜好杯中物,直至苑琼丹的出现,苑仔的一往情深,令林正英大为感动.但在林正英自觉快将离开人世前的个多月,林单方面以一个无关痛痒的理苑仔提出分手,要求苑仔以後不要再见他,其实他只是不想拖累对方.不过仍然不离不弃,在林病重期间,仍不肯搬离林在西贡的住所,反而林正英却一声不响,其後独自搬到妹妹家中养病,而上周昏迷入院时,家人亦在林要求下,没有告诉苑仔. 苑琼丹昨日表示,对林的死讯不愿置评,亦不肯透露会否出席丧礼. 九号)传遍娱圈,但一 直未能获得证实,直至昨晨十时许,林之胞弟於尖沙嘴政府合署内的生死注册署出现,替亡兄办理领取死亡证手续,之後他便匆匆赶往九龙圣德肋撒医 院办理其兄身後事,至此林正英病逝一事才得以证实. 各大报馆及电视台闻讯後,大批记者即前往医院门外守候.到下午三时,一架「宝福纪念馆」的灵车驶至医院侧门,未几林弟亦现身,殡仪馆仵工则将已裹上白布的林正英遗体抬上灵车. 花费百万 及後灵车驶往大围「宝福纪念馆」,期间林弟一脸伤痛,对记者提问未有多 言,但他就承认兄长性情低调,生前已叮嘱他要将丧事低调处理,林弟说:林正英)去得好安详,我会十三号设灵,十四号举殡,用佛教仪式举行丧礼.」 据「宝福纪念馆」人员透露,林正英胞弟已订了二楼的宝善堂,为亡兄设灵据知宝善堂是全纪念馆收费最贵的,故林正英葬礼估计需花费百万 。