1997年，参演电视剧《和平年代》，饰演了一个广东小老板，获得了第17届“飞天奖”最佳男配角提名。2000年，30岁的林永健从部队转业，到北京当起"北漂"；同年，参演《风流才子纪晓岚》饰演“和把子”；2001年，林永健参演张国立主演的电视《铁齿铜牙纪晓岚2》，出演卢焯一角。2002年进入空政话剧团。2004年，参演张丰毅、李雪健主演的电视剧《历史的天空》，饰演从小喽罗到副军长的“朱一刀”。
2004年，参演《敌后特工队》，饰演汉奸“刘魁胜”，夺得第17届全军电视剧金星奖“优秀演员”奖。2005年11月，与张国立、张默、邓婕联袂主演历史传奇轻喜剧《龙非龙凤非凤》。2007年，林永健参演张国立主演的电视剧《金婚》，饰演有些小奸小滑小聪明的配角“大庄”。
2010年，主演谍战剧《黎明之前》，饰演国民党中央情报官“谭忠恕”，夺得第17届白玉兰奖最佳电视剧金奖。2012年4月，领衔主演电视剧《我叫王土地》，饰演地商兼水利专家“王土地”，《我叫王土地》夺得第26届中国电视金鹰奖“优秀电视剧奖”，林永健获得金鹰奖“观众喜爱的电视剧男演员奖 ”；
2012年10月，与牛莉主演的电视剧《新女婿时代》在北京卫视、浙江卫视、东方卫视播出。
2013年年初，与陈数、王龙华合作《天真遇到现实》，饰演造型多变有多种出位装扮的“郑现实”；3月，与宁静、刘蓓、周冬齐主演的《毕有财》，饰演毕有财，从20多岁演到70多岁，经历三段婚姻；同年12月，参演历史题材电视剧《聂荣臻》饰演“聂荣臻”，演绎聂荣臻从留法学习生涯、战争年代到建国时期的人生历程。