由于近亲结婚的夫妇，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇（即纯合），因而容易出生素质低劣的孩子。直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。近亲结婚对后代的影响只在于后代患某些遗传病(由隐形基因控制的)的几率高于普通人,即控制同一遗传病的隐性基因结合,使其控制的遗传病得以表现的几率高。所以不会影响到第三代，即使第三代有什么问题也与第一代近亲结婚无关。
近亲结婚的话题是遗传咨询开设以来最多内容之一。我国1980年9月10日第五届全国人民代表大会第三次会议通过的婚姻法中第一章、第六条有明确的规定，直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。
其他国家对不同程度血缘关系近亲结婚有不同规定，如：
丹麦、挪威、冰岛、芬兰、比利时、荷兰，父女、母子可合法结婚，亲兄妹、姊弟可合法结婚；日本和美国的一些州允许表兄妹结婚。
由于近亲结婚的夫妇，从共同祖先获得了较多的相同基因，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇（即纯合），因而容易出生素质低劣的孩子。据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带 5-6 种隐性遗传病的致病基因。在随机婚配（非近亲婚配）时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体（患者）。而在近亲结婚时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。
近亲结婚的风险有多大？上表所列的近婚系数就是其遗传风险。对于发病率较低的疾病，如白化病，这种风险率一般高于随机婚配；如果是发病率较高的疾病，如我国南方的地中海贫血或蚕豆病，这种近亲结婚带来的风险并不一定高于当地人群随机婚配引起的发病风险。虽然为近亲结婚后代，如果其家族和本人没有明显的遗传病史，与其他非近亲的配偶结婚后，不应担心近亲结婚带来的后果。或者说，对后代的影响与正常婚配没有明显差别。