1.遗传因素
来源于种族演化和双亲遗传两方面。在人类进化中，随着食物由生变熟和细软，咀嚼功能渐弱，致使口颌器官渐退化。其中，颌骨退化快于牙齿，出现牙齿拥挤。双亲的牙颌畸形可遗传给子女。
2.获得因素
在胎儿期，母亲患病、接受放射线过量和外伤等，可导致胎儿先天性牙颌面畸形；小儿疾病如佝偻病、慢性鼻炎等；人工哺乳时的奶瓶位置及喂养姿势不正确；儿童食物过于细软，诸如吮指、咬下唇和偏侧咀嚼等不良习惯；替牙期间的乳牙早失、滞留、邻面龋坏、多生牙和先天缺失牙等，均可引起。
1.预防矫治
在牙及颌面部的胚胎发育和后天发育过程中，各种先天性和后天性环境因素均会影响其发育而造成牙颌畸形，如果采取各种预防措施来防止各种畸形的发生，则称之为预防矫治。如母亲妊娠期注意营养、防止过量放射线照射及药物。如龋齿的早期治疗、口腔不良习惯的早期破除，滞留乳牙、多生牙的及时拔除等，可预防牙颌畸形的发生。
2.阻断矫治
在牙颌畸形发生的早期，进行早期矫治，阻断畸形向严重发展，将颌面的发育导向正常称为阻断矫治。
如早期发现牙列严重拥挤，采用顺序拔牙治疗；早期牙源性前牙反合，使用简单合垫矫治，防止向严重的骨骼畸形发展。
尤其是反颌（俗称“地包天”），一定要尽早开始矫正，以免导致孩子面部骨骼异常生长,给孩子留下终身遗憾。
一般矫治是临床矫治中最多见的，根据不同牙颌畸形选用各类矫治器，如活动矫治器、固定矫治器、功能矫治器等。
4.正颌外科手术
主要是指对生长发育完成后的严重的骨性牙颌畸形配合外科手术的方法来矫正。外科矫正需要正畸科与口腔颌面外科医师共同合作完成，以保证其咬合关系及颌骨畸形均得到良好的矫正效果。
患者18岁之后就可以施行正颌外科手术治疗。手术之前先行设计，术后一般要再进行正畸治疗，以保证咬合关系形成尖窝关系，预防复发。
（1）主要是将上下颌骨计划性截断后，重新组合成上下齿列相对应关系较理想的位置。正颌手术在术前必须做许多精细的评估，包括颈部X线片及咬合模型的分析，而正畸及口腔颌面外科医师会针对患者的情形及需求研制治疗计划。
（2）在施行正颌手术前，常需要先接受一段时期的齿列矫正治疗，以确保手术过程中能得到一个较适当的移动力量及稳定的咬合状态，而正颌手术后仍需持续做齿列矫正，将牙齿的位置做最后细微的调整。
（3）患者术后的恢复很快，极少数的病例中会产生短暂性感觉神经麻木或骨骼愈合不佳的并发症。正颌手术后几天会有肿胀及不自主流口水的情形，需休息一周，吃流质的食物。一个月内即可恢复正常。