肺结核就目前的情况来说是很容易治疗的，它并不是不治之症，但是，目前有些治疗的病人还是治疗失败，为什么有的肺结核病患者会治疗失败，究其原因主要有以下几点：一、化疗方案不合理：没有根据病情和患者的具体情况选择有效的药物，确定剂量、用法、疗程，拟订出合理的化疗方案，造成耐药菌的发生或因毒性反应而被迫停药。因此，肺结核治疗必须找专科医院专科医生治疗。二、不坚持规律用药或中断治疗：成功的关键是规律用药，完成足够的疗程。若患者不合作、忘服药或误把症状消失当成疾病治愈而选择放弃治疗、自行停药、药源供应中断、更换医生等，都会使治疗中断。三、药物毒性反应处理不当：在治疗过程中发生药物毒性反应时，处理不当。四、病情发现过迟：患者发现得病过晚，病情严重，体质差，菌量多，尤其是免疫功能低下者，影响化疗效果。咯血后导致病变播散，合并糖尿病或矽肺也给治疗增加难度。
五、耐药菌的存在：结核菌耐药性的产生是导致化疗失败的主要原因之一。结核病治疗失败的标志是：疗程结束时痰菌不能转阴或化疗过程中转阳，X线显示病灶未能吸收。因此，肺结核患者必须按照结核病专业医生的治疗方案进行治疗。遵循合理的联合用药方案，用药充足，服用规律，切忌中断治疗。及时复查，出现毒副反应及时咨询医生，及时对证处理，切忌自作主张中断治疗。
六、非典型抗酸杆菌感染，非典型抗酸杆菌和结核菌非常相似，都具有抗酸性，该菌常侵犯肺脏，和结核菌所致的肺结核不易区别，在肺结核患者中约有1-20%是非典型抗酸杆菌所致的，国内资料显示非典型抗酸杆菌感染占4.4%，这些病人用抗痨药物往往效果很差或无效。综上所述，造成化疗失败的主要原因是没有到结核病专科医院治疗或没有在专业医师指导下治疗，患者思想麻痹大意，听之任之，有病乱投医，或自行购买廉价药品（伪劣假冒药）。