肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为结核性感染。其他特异性感染如溃疡性结肠炎、Crohn病等特异性炎症、恶性肿瘤、肛管外伤感染也可引起肛瘘，但较为少见。
治疗
肛瘘不能自愈。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
1.瘘管切开术
是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下，切开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。