还有，黄豆中含有抗胰蛋白酶、红细胞凝集素等物质，抗胰蛋白酶会影响人体胰蛋白酶的活性，红细胞凝集素会导致人体出现红细胞溶血，也就是细胞破裂，但是它经过蒸煮后可以破坏，要格外注意的是黄豆中的皂甙有“假沸”现象，就是实际未到沸腾的温度，但是整个锅里布满了气泡，跟沸腾了是的，这就是皂甙在作怪，只要继续煮气泡消后再煮约十分钟就可以了，否则容易引起中毒等副作用。
另外，黄豆吃太多也容易胀气放屁，这是因为它含有棉籽糖和水苏糖的缘故，食用豆腐、豆浆就没有这个问题了。黄豆吃太多还有可能导致某些矿物质的吸收，如铁、锌和碘的吸收。