天然珍珠又分淡水和咸水珍珠，色彩主要是由于珠贝分泌物的色彩决定的。通常来讲银白色最多，除此之外还有粉红色、亮黄色、亮玫瑰色、杂色等；以黑色为主。
天然珍珠又分淡水和咸水珍珠，色彩主要是由于珠贝分泌物的色彩决定的。通常来讲银白色最多，除此之外还有粉红色、亮黄色、亮玫瑰色、杂色等；以黑色为主的，可出现灰、古铜、暗蓝、蓝绿、绿等色调。有色珍珠，是指除白、黑色以外的珍珠，通常为蓝色的，此外，还有红、紫、淡黄、丁香紫、绿等色的。偶尔见到灰黑色，其上伴有玫瑰色，蓝色，绿色等绚丽的晕彩。
天然珍珠的色彩不管磨掉多少层里面的色彩是一样的，人工人染色的就会露出里面的原色。
淡水珍珠
淡水珍珠，顾名思义就是养殖在湖或河里的珍珠，淡水珠主要产于我国华南地区，近年来，我国淡水育珠取得很快进展。彩色淡水珍珠的研究也取得了成功，他们色彩绚丽，形体多异，产量很高，但在价值方面，除 8 毫米以上的珍品外，与海水珍珠相差甚远。需要说明的是，淡水珠也是货真价实的珍珠种类。
只是河蚌生珠，比海水珍珠在价值和质量上差了一个档次，但不能以假珠论之。淡水珠和海水珠一般而言较易识别，海水珠色泽好于淡水珠，且比淡水珠个大，形圆。表面光滑应也以海水珠为佳，淡水珠表面常有勒腰、折皱纹，外形最常见为椭圆形、不规则形。淡水珠分层界线不明显，多数无核珠。但质量好的淡水珍珠也有圆形或近圆形，表面呈天然玉色或彩色。
海水珍珠
中国海水珍珠产于北部湾及东南沿海。历史上以广西合浦珍珠为代表，称谓“合浦珠名曰南珠，出欧洲西洋者为西珠，出东洋者为东珠”。国际上一向认为“西珠不如东珠，东珠不如南珠”。海水珍珠的形态一般为正圆形，这是外形最理想的珍珠。
我国古时称为“走盘珠”，即放在盘中稍动，就能滚动自如，合浦南珠圆度好，粒粒放光，颗颗走盘。海水珠呈圆形的几率比淡水珠高，这是由它内部同心环层结构所决定的。海水珠的美丽高雅，很大程度上归于其光泽。优质的海水珠呈半透明感，给人一种柔和朦胧的美，在短波紫外线下有亮的浅蓝、白色、淡黄、粉红色的荧光，X 线下发黄白色及绿色磷光。
海水珠的颜色以白、淡黄色居多，本体颜色还有红、青、紫、褐、黑等多种色彩，直径以3~5 毫米占多，达 65%左右，直径在 8 毫米以上者为罕有珍宝，质量好的上乘海水珠以克论价，其价格远远超过黄金。
南洋珍珠
产于南太平洋的海水珍珠都称为南洋珍珠，南洋珠有白色、银色、金黄与黑色，各有不同的产区，不同的蚌种养殖出来的南洋珠颜色种类也不相同。澳洲是全球最主要的南洋珠来源地。所产的南洋珠以银色为主，白色与金色南洋珠主要产于缅甸、泰国、印尼、菲律宾等东南亚国家。
养殖南洋珠的蚌类体型比较大，通常南洋珠的大小也比其他珍珠大一些，最常见的大小为 9mm 到 14mm 之间，超过 14mm 价格明显高出许多，仅有非常少数可以养出超过 20mm以上的南洋珠。目前白色南洋珍珠的价值高于金色南洋珍珠的价值。总体来说，白蝶贝十分稀罕，金唇贝更是凤毛麟角，它们对生长环境十分敏感，即使是最细微的水流和温度变化也会影响它们。因此优质的金色南洋珠只占南洋珠生产总量的 2%-3%，极其珍贵。
南洋珍珠有“珍珠之后”的美誉，可见其美丽、尊贵的地位。它的色泽绚烂瑰丽、颗粒硕大无瑕、圆润饱满，无与伦比，散发出高贵、优雅、大气、慑人心魄的美丽气质。
大溪地黑珍珠
法属玻利尼西亚群岛位于南半球，纽西兰东北方，夏威夷之南。大溪地是玻里尼西亚群岛一百一十八个岛中的最大之岛，总面积约 1000 平方公里，在南纬 7～29 度、西经 13～156 度的广大海域中。形状从空中鸟瞰似尾鱼，鱼头鱼身被称为「大溪地」（Tahiti Nui），也称塔西提岛。大溪地温暖的海水中，孕育着美丽的黑碟贝，这种珠母贝珍珠品质独一无二，是一种会分泌黑色珍珠质的黑蝶贝，在纯净而特殊的礁海中，黑碟贝将其无与伦比的天然色泽赋予珍珠。
大溪地黑珍珠，血统纯正、遗失孑立的王者、贵族。神秘、魅惑、冷傲、智慧深沉，能量深不可测。大溪地珍珠不但蕴藏深海的神秘，更同时兼备淡淡彩虹的幻彩光芒。色彩是大溪地珍珠最为美丽独特之处，黑灰的基本色中透出浓紫、粉红、海蓝等幻彩虹色，而最独特的颜色是灿烂夺目的孔雀绿色，这些色彩完全是大自然的结晶，浑然天成，它强烈的金属光泽会随着珍珠的转动而变换，不是其它颜色珍珠可以比拟，因此它显得弥足珍贵。
优质黑色珍珠的年产量估计不超过 15 万颗，其中 40％通过一年一度的国际拍卖会出售。
多数黑珍珠粒径集中于 9 毫米至 10 毫米之间，大约有 6 成以上黑珍珠粒径不超过 11 毫米。
因此一般把 11 毫米作为黑珍珠珍品的界限，而 15 毫米以上精圆形黑珍珠更加稀有。