第三步开始对种子进行水培育苗，种子出苗后，应在25℃左右条件下进行水培育苗5～7天。在水培育苗期间，莲苗根系吸收力弱，生长主要靠种胚提供养分，一般不需要施肥。在水培育苗过程中应保持水层深10厘米左右，并给予充足的光照;不宜经常换水或翻动，以免叶片因经常改变其生长方向而过度伸长;应让叶柄保持在水中，叶片自由平展于水面。待第一片叶放开，第二片叶即将放开，长出白色根系时，即可定植。
第四步是定植，等芽长到10CM左右，可以移栽。根据碗莲种植的需要，选择土壤装入花钵内后，放入清水，并将土、肥拌和均匀。待泥水澄清后，将水培苗定植于花钵的中央，以种子全部入泥为度，使叶片自由舒展于水面。移植时应注意，不可折断叶柄，以免影响生长。