早年生活
商鞅年轻时喜欢刑名法术之学，受李悝、吴起的影响很大。他向尸佼学习杂家学说，后侍奉魏国国相公叔痤任中庶子。公叔痤病重时向魏惠王推荐商鞅，说：“商鞅年轻有才，可以担任国相治理国家”，又对魏惠王说：“主公如果不用商鞅，一定要杀掉他，不要让他投奔别国。”魏惠王认为公叔痤已经病入膏肓，语无伦次，于是皆不采纳。公叔痤转而让商鞅赶紧离开魏国，商鞅明白魏惠王不采纳公叔痤用他之言，也不会采纳杀他之言，所以并没有立即离开魏国。
投奔秦国
公元前362年，秦孝公继位。当时黄河和崤山以东的战国六雄已经形成，淮河、泗水之间有十多个小国。周王室势力衰微，诸侯间用武力相互征伐吞并。秦国地处偏僻的雍州，不参加中原各国诸侯的盟会，被诸侯们疏远，像夷狄一样对待。秦孝公继位后以恢复秦穆公时期的霸业为己任，在国内颁布了著名的求贤令，命国人、大臣献富国强。
公元前338年，秦孝公去世，太子驷即位，即秦惠王。公子虔等人告发商鞅“欲反”，秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带凭证，告以商君之法，留宿无凭证的客人是要治罪的。商鞅想到魏国去，但魏国因他曾生擒公子卬，拒绝他入境。
商鞅回秦后被迫潜回封邑商，发动邑兵攻打郑县（今陕西省华县）。秦惠文君派兵攻打，结果商鞅失败战亡。其尸身被带回咸阳，处以车裂后示众。秦惠文君同时下令诛灭商鞅全族。商鞅虽然被害，但新法并未被废除。
其法家思想
商鞅在变法之争时提到的“圣人苟可以强国，不法其故；苟可以利民，不循其礼”就成为了秦国政治的指导原则，使秦国领先于山东六国。其次，商鞅执法不避权贵、刑上大夫表明了他坚决贯彻了法家的这一主张。最后，法家还有一个共性就是，商鞅一样抱着法家“明法”的态度和精神来推行政治改革，让百姓知晓法律。
独立思想商鞅独立的思想的影响主要表现在三个方面。首先，商鞅主张全农的经济政策，为此他颁布了《垦草令》，制定出二十种重农和开垦荒地的办法。一方面直接或间接的刺激农业发展，一方面打压工商业。其次，商鞅主张重刑厚赏。商鞅认为人的本性是趋利畏罪的，只要重刑厚赏，就可以很好的治理人民，使国家安定。为此商鞅一方面制定严酷的刑法治理人民，一方面重赏立信。第三，商鞅主张重战尚武，具有军国主义思想。最后，商鞅主张国家应统一民众的心智，制定统一的制度，实现统一的目标。
商鞅的思想在商鞅死后经过发展逐渐形成一门学派，名为商学派。商学派经过建立、开拓、发展、定型和后劲五个阶段，配合秦的历史，逐渐成为主宰秦国乃至秦朝的思想主流。